1888年，在華教會組織“美以美”會將它在北京地區(qū)所創(chuàng)辦的中、小學校合并起來成為匯文書院（后改名匯文大學）。1893年，另外一個教會組織“公理會”也將它在華北辦的中、小學合并成潞河書院，1904年又改名為北通州協(xié)和大學。1919年這兩所學校以及教會組織“數(shù)公會”在北京辦的協(xié)和大學和協(xié)和神學院，共同商議合作辦學，經(jīng)過多次會商、波折，終于同年秋天組成新的學校，取名燕京大學，校址設在內城盔甲廠，美國人司徒雷登任校長。

1920年，教會學校華北女子協(xié)和大學也并入燕京大學，成為燕京大學文理科女校，校址在燈市口佟府夾道。這時學校分文理科和神科兩大部分，層次分本科和預科。

由于城內校舍有限，發(fā)展受阻，1920年，學校購得城西郊海淀前清睿王府作為校園，動工興建新校舍。1926年基本落成，成為北京最大最美麗的大學校園，學校遂由城內遷往新址。同年，學校取消預科。

1929年，根據(jù)當時南京政府教育部頒布的私立大學規(guī)程，外國人不得在中國境內辦的大學中任校長，燕京大學董事會遂改推中國人副校長吳雷川任校長，司徒雷登改任校務長。并改組了原來的科系結構。全校設三個學院，即：

（1）文學院，內設國文、英文、歐洲文、歷史、哲學、教育、心理、音樂、宗教九個系；

（2）自然科學院，內設化學、生物、物理、地理及地質、數(shù)學、家事六個系；

（3）應用社會科學院，內設政治、經(jīng)濟、社會三個系。后來文學院又添設新聞、體育二個系。自然科學院改為理學院，將心理學系劃歸理學院。又將社會科學院改為法學院，增設法律學系。1932年后，又作了一些調整，陸續(xù)撤銷了宗教學系、體育學系和地理及地質學系。將英文和歐洲文學合并為外國文學系。另外在教育系設置了幼稚師范專修科，在化學系設了制革專修科。理學院內還開設了醫(yī)學預備課程和護士預備課程。

燕京大學中本科以上的研究課程，自1921年即開始設置，最初設立的是哲學，其后逐年增至12門。1934年，根據(jù)教育部頒布的大學研究院暫行組織規(guī)程，學校正式成立了研究院，設文、理、法三個研究所，內分歷史學部、化學部、生物學部及政治學部。研究院的修業(yè)年限最低為二年。

1937年，抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，北平各大學紛紛南遷，燕京大學因為是外資所辦，留在北平繼續(xù)辦學。1941年冬，日美爆發(fā)太平洋戰(zhàn)爭，北平的日本占領軍封閉了燕大，逮捕了燕大的創(chuàng)始人司徒雷登和師生多人。一部分教師和學生陸續(xù)內遷，于1942年秋在四川成都辦起了燕京大學臨時學校，繼續(xù)上課。

1945年，日本投降后，司徒雷登獲釋，召集留在北平的師生，在原址復校。1946年夏，成都的師生全部遷回北平。到1947年底，在校學生有901人，教職工267人。

燕京大學的辦學經(jīng)費，最初是由各教會團體提供，后來發(fā)展到接受美國各界的捐助以及在中國國內募捐，也得到過中國政府和社會團體的資助。

1949年后燕京大學仍留在北京辦學，其性質也無大的改變。1950年，中國政府將燕大收歸國有，改為公辦。1952年全國高等學校院系調整時，民族學系、社會學系、語文系（民族語文系）、歷史系并入中央民族學院（今中央民族大學），法學院并入北京政法學院（今中國政法大學）、中國人民大學，經(jīng)濟學系并入中央財經(jīng)學院（今中央財經(jīng)大學），其他文科、理科多并入北京大學，工學院并入清華大學，醫(yī)學系并入中國協(xié)和醫(yī)學院。其校舍由北京大學接收，成為北京大學的主校區(qū)，現(xiàn)已列為古跡保護區(qū)。此外，其大學董事會和部分教員南遷香港，參與崇基學院的創(chuàng)建，為香港中文大學創(chuàng)始的成員書院之一。學校名稱不復存在。