通常我們拿到了腫瘤相關(guān)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量矩陣后的第一層次降維聚類分群通常是：

• immune (CD45+,PTPRC),
• epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
• stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo)

參考我前面介紹過 CNS圖表復(fù)現(xiàn)08—腫瘤單細(xì)胞數(shù)據(jù)第一次分群通用規(guī)則，這3大單細(xì)胞亞群構(gòu)成了腫瘤免疫微環(huán)境的復(fù)雜。

絕大部分文章都是抓住免疫細(xì)胞亞群進(jìn)行細(xì)分，包括淋巴系（T,B,NK細(xì)胞）和髓系（單核，樹突，巨噬，粒細(xì)胞）的兩大類作為第二次細(xì)分亞群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的fibo 和endo進(jìn)行細(xì)分，并且編造生物學(xué)故事的。

反而是上皮細(xì)胞，大家很少涉及到，所以我前面介紹了各個(gè)組織器官的特色上皮細(xì)胞亞群以及其對(duì)應(yīng)的標(biāo)記基因列表：

• 乳腺上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群
• 肝上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群
• 肺上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群
• 結(jié)直腸上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群
• 胃上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群
• 腎上皮細(xì)胞單細(xì)胞亞群

但是我個(gè)人的時(shí)間精力確實(shí)是有限，不可能在每個(gè)生物學(xué)細(xì)分領(lǐng)域都精通，所以也是整理了一個(gè)大概，大家可以粗淺的參考，更深入的細(xì)分各個(gè)器官組織的上皮單細(xì)胞亞群其實(shí)就需要認(rèn)真看各種文獻(xiàn)和綜述。

因?yàn)?髓系（單核，樹突，巨噬，粒細(xì)胞）的亞群區(qū)分的并不是很好，我們可以先把它們混合一起進(jìn)行細(xì)分亞群并且積累標(biāo)記基因。其實(shí)在我給大家的基因列表代碼里面也有部分：

library(ggplot2) 
genes_to_check = c('PTPRC', 'CD3D', 'CD3E', 'CD4','CD8A',
                   'CD19', 'CD79A', 'MS4A1' ,
                   'IGHG1', 'MZB1', 'SDC1',
                   'CD68', 'CD163', 'CD14', 
                   'TPSAB1' , 'TPSB2',  # mast cells,
                   'RCVRN','FPR1' , 'ITGAM' ,
                   
                   'C1QA',  'C1QB',  # mac
                   'S100A9', 'S100A8', 'MMP19',# monocyte
                   'LAMP3', 'IDO1','IDO2',## DC3 
                   'CD1E','CD1C', # DC2
                   
                   'KLRB1','NCR1', # NK 
                   'FGF7','MME', 'ACTA2', ## fibo 
                   'DCN', 'LUM',  'GSN' , ## mouse PDAC fibo 
                   'Amy1' , 'Amy2a2', # Acinar_cells
                   'PECAM1', 'VWF',  ## endo 
                   'EPCAM' , 'KRT19', 'PROM1', 'ALDH1A1' )

但是不完善， 我們首先以文章：《Single cell characterization of the immune microenvironment of melanoma brain and leptomeningeal metastases》為例，看看 髓系的（單核，樹突，巨噬，粒細(xì)胞）的細(xì)分亞群：

可以看到，主要是樹突細(xì)胞細(xì)分亞群比較多，是cDC1，cDC2，cDC3，以及pDC，有一些文章里面也把上面的 cDC3 叫做是 mregDC，比如2022-的GSE198714數(shù)據(jù)集-關(guān)于乳腺癌-的文章：

當(dāng)然了，雖然樹突細(xì)胞細(xì)分亞群比較多，是cDC1，cDC2，cDC3，以及pDC，并不是說單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞就沒辦法細(xì)分，比如2022年8月發(fā)在NC的文章：《scRNA-seq of gastric tumor shows complex intercellular interaction with an alternative T cell exhaustion trajectory》里面的單核就區(qū)分成為了：

• Mono_CD14 ， classical CD14+CD16-
• Mono_FCGR3A ，non-classical CD14-CD16+ monocytes,

而巨噬細(xì)胞區(qū)分成為了：

• resident tissue macrophages (RTMs)  （高表達(dá) THBS1 ）
• lipid-associated macrophages （高表達(dá) APOE）

如果一定要繼續(xù)細(xì)分

就會(huì)面臨一個(gè)困難，就是沒辦法給出來具體的生物學(xué)名字，只能是使用序號(hào)進(jìn)行標(biāo)記各個(gè)細(xì)分亞群。比如文章：《Single-cell landscape of the ecosystem in early-relapse hepatocellular carcinoma》

雖然這個(gè)髓系的細(xì)分降維聚類分群里面的巨噬細(xì)胞是有5個(gè)亞群，但是作者給出來的就是純粹的序號(hào)，其實(shí)也可以看它每個(gè)亞群的高表達(dá)量基因給名字：

就好奇怪，前面的resident tissue macrophages (RTMs)  （高表達(dá) THBS1 ），但是這個(gè)時(shí)候這個(gè)THBS1很明顯是在單核細(xì)胞里面。

所以靠一兩個(gè)基因就確定單細(xì)胞亞群的生物學(xué)名字在細(xì)分亞群的時(shí)候經(jīng)常是不太可靠的。